历代古琴遗留下来的琴谱三千多首，减去相同曲名的也有六百多首，很多琴曲都受中国儒、释、道三大哲学思想影响，由此而发展出儒、释、道三家各有特色的琴道。在儒家，古琴是一种圣器，有其移风易俗之功；在佛家，它是一种禅器，有其明心见性之效；在道家，它是一种道器，有其修真悟性之得。儒家琴道思想的“中和”、“雅正”，佛家的“庄严”、“禅定”及道家的“虚静”、“恬澹”可作为养生、治未病及音乐治疗的研究依据。儒家琴乐可以正心修身，减少负面能量或情绪；佛家琴道圆融启智、庄严慈悲；道家琴乐逍遥自在、返璞归真。养生及音乐治疗可根据具体情况进行实践研究。另一方面根据《内经》五脏相音，五音宫、商、角、徵、羽各有不同的音乐表现特性，对不同情志之困扰及疾病起到一定的舒解作用。加上《吕氏春秋》五行生尅理论可按琴曲的不同音调作为指导选曲进行相对应经络脏腑的亚健康与疾病的治疗。儒、释、道琴乐也可以结合五脏相音及五行生尅理论作为养生及音乐治疗的进一步研究，并加以利用现代科学仪器进行检测经络脏腑平衡状况、脑波类型及比例、生物能量等的数据记录，进行比较和分析，以便归纳总结各种琴乐的疗效、疗程、分类、时值、适应症等数据，从而建立儒、释、道琴乐的音乐治疗资料库。