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光合作用作为棉花生物量的主要来源，改善棉花光合功能对提高棉花产量具有重要意义。光合功能性状包含净光合速率、蒸腾速率、气孔导度、胞间CO2浓度等直接的光合性状，同时还有叶绿素荧光、叶绿素含量、叶面温度、水分利用率等间接性状，多项研究已表明这些性状大多属于数量性状。以往通过传统杂交育种方法提高棉花光合能力收效甚微，伴随分子标记技术出现，将分子标记技术与数量遗传学结合，为剖析棉花光合性状遗传机制、改善棉花光合能力提供了新的途径。