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利用串联质谱进行蛋白质鉴定通常有两大类方法：数据库搜索与肽段从头测序。从头测序方法不需要数据库的辅助,而是直接从谱图中推导出肽段序列[1,2]。理论上,如果一条肽段碎裂得比较充分,以至于质谱中存在它的所有或大多数碎裂位置的离子,那么我们便有可能通过谱图中这样的连续谱峰的质量差推导出整个序列(图1)。