近年来,新疆加工型辣椒病毒病以生产加工型辣椒为主的新疆辣椒产业发展迅速,现全疆种植面积已达103.54万亩,新疆成为我国加工型辣椒重要的生产加工基地之一.随着新疆加工型辣椒种植面积逐年扩大,辣椒病毒病发生普遍,引起花叶、顶枯、落花、落果或疯长不结果、椒果坏死、畸形、质量低劣,导致减产甚至绝产,造成严重的经济损失.为了查明新疆加工型辣椒病原病毒的种类及其分布特点,2011 ～ 2013年对新疆加工辣椒主要产区(南疆巴音郭楞蒙古自治州,北疆沙湾县)的辣椒病样,采用双抗体夹心酶联免疫吸附法(DAS-ELISA)、反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和基因克隆、序列分析检测和鉴定.结果表明,在检测的黄瓜花叶病毒(CMV)、烟草花叶病毒(TMV)、苜蓿花叶病毒(AMV)、马铃薯X病毒(PVX)、马铃薯Y病毒(PVY)、辣椒轻斑驳病毒(PMMoV)、番茄花叶病毒(ToMV)、蚕豆萎蔫病毒(BBWV)、辣椒斑驳病毒(PePMoV)9种病毒中,从183份疑似病毒病植株样品中,CMV检出率最高为72.36％,是侵染最为普遍的优势毒源；其次为BBWV,检出率为39.44％；PePMoV检出率为36.11％,TMV检出率为14.6％；2种及2种以上病毒复合侵染率为15.6％.从辣椒种子中病毒总检出率达66.7％,以CMV的检出率最高,为55.6％；其次是BBWVV,检出率为22.2％；PMMoV的检出率最低,为11.1％；CMV和BBWV复合侵染占22％.研究结果表明,辣椒种植地域、辣椒品种及采样时间对侵染病毒种类、病毒检出率、带毒率均有影响.