赤水河是目前长江上游唯一一条干流尚未修建任何大坝、仍然保持着自然流态的大型一级支流,水生生物资源极其丰富,分布有土著鱼类141种,其中长江上游特有鱼类46种.于2013年和2014年对赤水河的鱼类栖息地环境和鱼类群落结构进行了调查.结果显示,赤水河的鱼类栖息地格局总体上表现为上游和中下游之间有明显的差异,而且在枯水期和丰水期,上游和中下游之间的差异分界线变化不大;在鱼类群落格局方面,也表现出了上游和中下游的差异,但是与枯水期相比,丰水期上游与中下游之间的差异分界线相对下移,同时丰水期习水河鱼类群落与赤水河中下游干流较为相似,枯水期则相对独立;在鱼类群落季节动态方面,源头和上游江段特有鱼类在渔获物中的重量百分比较高,并且表现出一定的季节变化,这可能与鱼类的季节性洄游有关;而中下游河段中特有鱼类在渔获物的重量百分比相对较低,并且季节变化不明显,说明赤水河中下游生境类型丰富,可以满足鱼类栖息、繁殖和越冬等多方面的需求.这些差异反映了随着丰水期、枯水期的水文环境变化,赤水河鱼类栖息地环境和鱼类群落结构呈现动态的生态学过程.近年调查发现,赤水河至少可以满足1 14种鱼类的繁殖需求,其中包括22种产漂流性卵鱼类,生态过程复杂.目前,赤水河鱼类捕捞强度很大,非法捕捞现象非常严重;此外,环境污染和沿岸的工程建设等,均在一定程度上对赤水河鱼类栖息地造成破坏,赤水河鱼类栖息地的保护需要进一步加强.建议加强赤水河保护区的管理，禁止各种渔业捕捞：协调工程建设和保护区管理的关系，禁止危害保护区的工程建设；加强流域的环境保护，杜绝污染物的排放；加强鱼类栖息地的科学研究，进行栖息地的功能划分和管理。