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为了确定鸡艾美耳球虫（Eimeria）不同种以及来自不同地区同种不同株之间的亲缘关系，研究其分类地位。对实验室保藏的柔嫩艾美耳球虫（E. tenella）、毒害艾美耳球虫（E. necatrix）、巨型艾美耳球虫（E. maxima）、堆形艾美耳球虫（E. acervulina）等4种15株鸡球虫孢子化卵囊的18S rDNA基因进行克隆、测序，并与从GenBank下载的鸡球虫18S rDNA序列一起，使用软件DNAstar 5.0 MegAlign进行系统发育分析。结果显示，4种艾美耳球虫种间同源性在94.6％~99.4%之间，7株柔嫩艾美耳球虫的株间同源性在99.0%～99.9%之间，5株巨型艾美耳球虫的株间同源性在96.9%～99.8%之间。用该4种鸡球虫的18S rDNA序列与GenBank下载的另外4种鸡球虫18S rDNA序列构建系统发育树，显示这8种鸡艾美耳球虫形成2个分支，即堆形艾美耳球虫（EASH）、巨型艾美耳球虫（EMSH）、变位艾美耳球虫（E. mivati）、和缓艾美耳球虫（E. mitis）、布氏艾美耳球虫（E. brunetti）、早熟艾美耳球虫（E. praecox）构成1个分支，柔嫩艾美耳球虫（ENSH）、毒害艾美耳球虫（ETAS）构成另1分支。巨型艾美耳球虫、柔嫩艾美耳球虫各株的系统发育树均根据地域关系产生2个分支。柔嫩艾美耳球虫、毒害艾美耳球虫的亲缘关系较近，不同地理区域的同种不同株的亲缘关系相对较远，种间和种内的鉴定结果与普通生物学结果一致。本研究提示18S rDNA基因可用于鸡球虫不同种/株的分类鉴定，为艾美耳球虫分子遗传学鉴定提供了理论基础。