利用SSR和EST、SSR分子标记对天然彩色棉品种中的16个陆地棉(Gossypium hirsutum)和6个海岛棉(Gossypium barbadense)共22个品种进行了遗传多样性分析表明，为天然彩色棉的种质利用创新提供分子依据。在所选择的70对引物中，筛选出的多态性较好的25对引物在所有品种中共扩增出101条带，其中36条为多态性条带，每个标记1～7条带，其中多态性带1～3条，多态性条带百分率(PPB)达35.7％。对22份种质材料遗传多样性的聚类分析结果表明，在遗传相似系数O.81的地方，海岛棉中天然棕色棉和陆地棉中的天然棕色棉被明显分开，与形态学的分类结果相一致，为海岛棉和陆地棉分为两个亚种提供了佐证。结果还表明，陆地棉中天然棕色棉的遗传资源明显较海岛棉材料中丰富，并且存在着过渡类型和优良遗传种质，这些遗传种质可以扩大陆地棉中天然棕色棉的遗传多样性，进而拓宽天然棕色棉的遗传基础。