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生态补偿是一种新型的资源环境管理模式，是新时期我国生态环境保护政策创新的重要内容。但目前我国生态补偿研究仍处于起步阶段，现有的理论研究远滞后于实际需要，因此建立一套可操作的生态补偿体系以提供理论支撑是必要的和迫切的。本文结合内生式发展理论和生态补偿理论，提出了内生式生态补偿，并以重庆三峡库区为例进行了实证分析。