生态转移支付对建立生态补偿机制具有重要作用。目前我国区域间生态转移支付政策还不能使生态受益者和提供者在成本与收益的分担与享受上趋于合理。因此，有必要根据财权同级政府间的转移，建立起横向的转移支付政策来实现这一目标。文章以生态足迹理论为基础，分析国内区域间生态转移支付的现状和存在的问题，认为在完善财政纵向转移支付体现公平分配功能的同时，还应理顺基于经济与生态分工基础上的特定区域内政府间的财政关系，为西部地区的生态环境建立一种以效率和优化资源为调控目标、纵横交错的财政转移支付制度。结合我国的实际情况，可以从以下方面完善生态补偿机制的财政转移支付制度：一是由国家建立绿色GDP核算体系，便于区域间进行生态产品的交易。二是建立区际生态基金模式的横向生态转移支付制度。基金的缴付要体现"抽肥补瘦"、共担责任的目的。三是完善现有的纵向转移支付制度。在转移支付过程中，应采用"因素法"对各地区进行因素评估，建立科学、合理的财政转移支付制度。四是细化财政转移支付在生态补偿机制中的具体途径。重点是完善转移支付基本模式，建立健全以纵向为主、纵横交错的政府间转移支付制度，而且可以通过法律加以规范。