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2010-2011年调查结果显示，覆盖整个东江源头区的12个采样点收集和鉴定的鱼类标本共计7目18科56属74种。东江源头区域鱼类群落以杂食性、定居性、中下层和底栖种类为主，从G-F指数、Shannon-Wiener指数、Pielous均匀性指数、Margalef丰富度指数、Simpson指数看，东江源头区域的鱼类群落多样性较历史时期有所增加，源头河段丰水期和平水期的鱼类群落多样性呈现出明显的差异性。拦河建坝是导致洄游性、半洄游性鱼类减少的主要原因，其次，水体污染、河道取沙、过度捕捞及有害渔具渔法的使用也是源头区域生物多样性的主要胁迫因素。