《内经》中有十一脏腑说与十二脏腑说的不同，其争议主要就是在膻中即心包络上，而十二脏腑说的提出解决了三焦为“孤府”的尴尬地位，并使十二条经脉与脏腑均有联系，从经络学说由十一条经脉过渡到十二条经脉来看，膻中的出现也是脏腑经络研究发展的结果。至于《难经》的十二脏腑说，即在五脏五腑之外还有三焦一腑、命门一脏。虽然后世医家对于三焦形质颇有争议，但对其功能都有所固定认识，所以把三焦做为脏腑之一自《内经》至后世都无任何争议。至于命门，自《难经》提出后，后世发挥成“命门学说”，关于命门的认识，也是中医理论争议观点较多的一部分内容，究其源流就是《内经》、《难经》对命门认识的不同理论观点。总体来说，十一脏腑说与十二脏腑说有异议的地方就是在膻中、三焦、命门上，也是后人研究的重点，关于这方面研究的论文也很多，其实这些也都能反映出《内经》时代对脏腑认识的多样性，具有多种观点。