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随着分子生物学方法的进步,近年来发现了大量的新真菌类群,如隐真菌门(Cryptomycota) (Jones et al.,2011)、古菌根菌纲(Archaeorhizomycetes)等,从而地球上有多少真菌种类成为真菌学家关注的热点之一,最近根据高阶种类模型估计陆地真菌有61万余种,海洋有5万余种(Mora et al.,2011),而另一项估计地球上有510万种(Blackwell2011).根据我们自己的研究和文献分析,非培养方法揭示的种类是培养方法的约4倍,如果过去的150万种估计是根据可培养真菌种类估计的,那么地球上至少有600万种；如何认识和对待分类操作单元(OUT)及环境DNA序列,目前尚没有形成共识,尽管Hibbett等(2011)提出了如何给环境DNA序列命名,但没有别广泛认可.其实一些不可培养真菌通过一定的途径是可以培养的,同时根据环境DNA序列也可以通过原位杂交的方法观察到菌体；一个真菌一个名称是真菌分类命名一个里程碑的事件,但是如何进行尚存在广泛地争议；特殊环境已经成为真菌多样性研究的热点领域；真菌与宿主长期共存形成了特殊的协同进化关系,我们在揭示捕食线虫子囊菌进化规律的基础上(Yang et a1.,2007),最近分析了其起源与分化年代,提出其起源与进化可能是物种大灭绝地质事件导致的(Yang et a1.,2012),同时证明了冬虫夏草菌与寄主昆虫存在显著地协同进化关系,本地适应性是明尼苏达被毛孢对大豆胞囊线虫进化的过程,密度依赖可能是本地适应性进化的结果；内寄生真菌被毛孢与寄主大豆胞囊线虫可能存在一种新的寄生性模型；我国目前有70余种真菌已经完成或正在进行基因组测序,我们对Glarea lozoyensis基因组测序,揭示了抗真菌药物前提Pneumocandin合成的基因簇和发现了类操纵子结构.真菌学研究基因进入了一个崭新的时代.