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本研究以2012年从吉林省某养殖场免疫H9N2疫苗—A/Chicken/Shandong/6/1996（SD96）的鸡群中分离到的一株H9N2亚型病毒A/Chicken/Jilin/SJ15/2012（SJ15）为研究对象,利用RT-PCR方法扩增该病毒株的各基因片段,将扩增片段进行克隆、测序并与参考毒株的相应序列进行比较分析,绘制全基因片段的进化树。应用DNAman5.0软件包分析核苷酸序列同源性,结果显示SJ15的HA基因与Y280株同源性最高（98.0%）,NA基因与SD98株和Y280株同源性最高（95.5%）,其内部基因PB2、PB1、PA、NP、M和NS与Y280株的相应基因的同源性分别为98.7%、97.4%、99.1%、98.6%和99.3%。但SJ15的PA基因与SH98株的同源性最高（95.0%）。SJ15在裂解位点处的氨基酸序列为325PARSSR↓GLF333,符合低致病性AIV的分子特征;SJ15株HA的受体结合位点分析结果表明,SJ15株HA的受体结合位点中的关键氨基酸残基与SD98株和BJ94株毒株保持一致,与Y280株仅在第190位不同。本研究中SJ15 HA在226位置处的氨基酸残基为Gln,提示SJ15尚不具备直接感染哺乳动物的能力。利用NetNGlyc糖蛋白N-糖基化修饰在线预测数据库（http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/）分析SJ15 HA1中的潜在糖基化位点,结果显示SJ15 HA1氨基酸中存在5个潜在糖基化位点,与G1株和SD98株的HA氨基酸序列相比,在210位多出一个潜在糖基化位点。比较还发现21、133、290和297位糖基化位点在比较的各毒株之间高度保守。SJ15株抗原性位点与Y280-1ike一致,与SH98-1ike仅在211位发生改变。应用MEGA5.10软件中的基于距离的邻接算法（distance-based neighbor-joining algorithm）算法,分别绘制了SJ15株全基因的进化树。H9亚型HA进化树结果表明,欧亚谱系可以分成4个亚系,包括DK/HK/Y439/97-like（Y439-like）、CK/Kor/323/96-like（KR323-1ike）、Qa/HK/G1/97-1ike（G1-1ike）、Dk/HK/Y280/97-1ike（Y280-1ike）。在中国大陆Y280-1ike亚系又可以分为G9-1ike、BJ94-1ike、SD98-1ike、SH98-like和Y280-like 5个分支。本研究的SJ15毒株HA与Y280-1ike亚系中的Y280-1ike分支处于同一分支上,而我国现在使用的H9N2商品疫苗株（SS94、SD96和SH98）的HA与NA基因处在Y280-1ike亚系中的SH98-like分支,推测分离株与现用商品疫苗株在抗原性上可能不匹配。SJ15毒株的PB2、PB1、NP、NA、M和NS基因位于Y280-1ike分支,PA基因位于SH98-like分支,提示在我国吉林地区应更加重视H9N2亚型AIV的基因重排,应做好长期对H9N2亚型AIV监控及分子流行病学调查的工作。因此,加强禽流感流行病学调查具有重要意义。