α粒子诱发人支气管上皮细胞癌变相关LncRNA的识别鉴定

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【目的】识别鉴定正常人支气管上皮细胞BEP2D及其α粒子诱发癌变细胞BERP35T-1和BERP35T-4细胞之间的差异表达LncRNA。【材料和方法】BEP2D(人支气管上皮细胞)经1.5 Gyα粒子照射后体外传35代接种裸鼠成瘤,取出肿瘤制备单细胞克隆分别命名为BERP35T-1、BERP35T-4,将上述3种细胞分别提取总RNA,两两分组进行LncRNA及基因表达谱芯片检测:(1)用RVM修正的T检验对对照组和实验组进行差异筛选;(2)挑选出差异mRNA和差异lncRNA;将得到的差异mRNA进行显着性功能分析,得到其参与的准确的、可靠的、显着的功能;(3)通过生物信息学分析,鉴别信号通路、基因功能和作用网络等。【结果】(1)BERP35T-1与BEP2D细胞比较获得2490个差异基因,669个差异LncRNA,其中上调基因2011个,其显着性功能是参与细胞周期和基因表达等;下调基因61个,其主要功能是中间丝的组装、DNA损伤反应及p53介导的信号传导等;608个LncRNA表达上调,50个LncRNA表达下调,差异基因与差异LncRNA参与的显着性上调信号通路中细胞周期和病毒致癌等信号通路作用较强,基因间的相互作用网络图中MAPKl基因的中介能力最强,在整个Signal-Net中处于一个关键节点的位置,NCOR1等基因/lncRNA在lncRNA-mRNA共表达网络中发挥重要作用。(2)BERP35T-4与BEP2D细胞比较筛选获得差异基因1903个,差异LncRNA555个,其中上调基因1523个,其显着性功能是参与有丝分裂周期等;下调的基因30个,其主要功能是正向调控凋亡进程和维生素E合成等;529个LncRNA表达上调,26个LncRNA表达下调,差异基因和差异LncRNA参与的显着性上调信号通路中细胞周期和病毒致癌等信号通路作用较强,基因间的相互作用网络图中MAPKl基因的中介能力较强,在整个Signal--Net中处于一个关键节点的位置;HLCS等基因/lncRNA在lncRNA-mRNA共表达网络中发挥重要作用。(3)BERP35T-1与BERP35T-4细胞比较筛选获得差异基因728个,差异LncRNA 131个,其中上调基因310个,上调基因的显着性功能是参与核小体装配、细胞因子介导的信号通路等;下调差异基因214个,其显着性功能有病毒转录等;基因间的相互作用网络图中CAD基因与其它基因相互作用最强,PVRLl等基因/lncRNA在lncRNA-mRNA共表达网络中发挥重要作用。【结论】BEP2D与BERP35T-1组和BEP2D与BERP35T4组此两组筛选获得大量差异基因和差异LncRNA,其主要参与细胞周期、凋亡等调控,MAPKl基因在基因间的相互作用网络图中的介导能力最强,在整个Signal-Net中处于一个关键节点的位置。两个癌变细胞克隆BERP35T-1与BERP35T-4之间筛选获得的差异基因和差异LncRNA较少,主要参与核小体装配、细胞因子介导的信号通路等,基因间的相互作用网络图中CAD基因与其它基因相互作用能力最强。
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