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关联分析是研究群体中分子变异与表型变异之间的相关关系，发现和定位基因以及对基因进行功能分析的基本工具。但该方法也因缺乏可重复性而引起许多争议。原因可能很多，但与对性状的认识程度及其分析模型的合理性有着密切的关系。本研究拟以绵羊为例，模拟含数量性状基因座( QTLs )信息的绵羊断奶重数据，配合不同线性混合或固定模型，进行QTL与性状的关联研究，以分析各种遗传和环境效应的缺失对自然群体中关联分析的影响，从而为实际关联研究提供理论依据。