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将"基金论文比"作为学术期刊的评价指标，不仅在实际操作中会产生不少问题，而且其整体思路就是欠科学、欠合理的。一是"基金论文比"指标使评价主体与客体位置倒错，评价逻辑关系混乱；二是"基金论文质量高"的观点，实际是在课题产生优质成果的可能性与必然性之间画上等号；三是有关数据和研究表明，基金论文刊载的数量与期刊质量不存在正相关关系；四是"基金论文比"指标对办刊存在负面影响，引发编、作双方"共犯"学术不端行为；五是"基金论文比"指标对非基金论文作者存在不公平因素，浪费了宝贵的人才资源与研究资源。故"基金论文比"不宜作为学术期刊评价的指标。