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从水生态系统影响因子与驱动机制、分区尺度与指标选取关系和水生态系统服务功能三个方面，分析了水生态系统的影响机制；在此基础上，选择北京市作为区域尺度水生态分区的对象，结合北京市水生态系统特点，选取地形、植被、土地利用、主导水生态服务功能等指标，将北京市划分为2个水生态一级区、5个水生态二级区和24个水生态三级区；分析了北京市5种主导生态服务类型的分布，可为北京市各生态区主要生态问题识别、水生态环境保护和管理提供技术支撑。