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橘小实蝇(Bactrocera dorsalis)和番石榴果实蝇(Bactrocera correcta)隶属于双翅目(Diptera)，实蝇科(Tephritidae)，果实蝇属(Bactrocera)，是入侵我国的两类重要经济实蝇，给我国果蔬生产和贸易造成了严重的损害.实蝇共生菌与宿主实蝇相互依赖，互惠共生，对实蝇的生长、发育及环境适应性具有重要作用.本文针对实蝇入侵机制中实蝇及共生菌的协同入侵机制问题进行研究，通过实蝇共生菌16S rDNA文库的构建，序列的BLAST在线比对，初步明确了橘小实蝇及番石榴果实蝇室内饲养种群的共生菌的种类.结果表明，橘小实蝇室内饲养雄虫共生菌包括：成团泛菌(Pantoea agglomerans)，嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)，阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)，肺炎杆菌(Klebsiella pneumoniae)，肠杆菌属(Enterobacter sp.)；雌性成虫共生菌包括：阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)，嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)，不可培养肠杆菌(Uncultured enterobacter sp.)；番石榴果实蝇室内饲养雄性成虫共生菌包括：假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、脂环酸芽孢杆菌属(Alicyclobacillus)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、漫游球菌属(Lactococcus)、食酸菌属(Acidovorax)、Orbus菌属以及柠檬酸杆菌属(Citrobacter)；雌性成虫共生菌包括：假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、丛毛单胞菌属(Comamonas)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、醋杆菌属(Acetobacter).本研究为下一步共生菌与宿主橘小实蝇和番石榴果实蝇协同进化关系研究，以及共生菌对两种实蝇的生物学功能研究奠定了基础.