【摘 要】
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本文研究目标是从大规模芯片数据中检测显著性保守的癌症预后标志基因。论文利用了最新的基因芯片表达数据元分析(meta-analysis)手段一一排序的基因列表的相似性打分算法(Si
【机 构】
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东南大学生物电子学国家重点实验室，南京2l0096
【出 处】
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2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会
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本文研究目标是从大规模芯片数据中检测显著性保守的癌症预后标志基因。论文利用了最新的基因芯片表达数据元分析(meta-analysis)手段一一排序的基因列表的相似性打分算法(Similarities of Ordered Gene List-SOGL)，并将现有的两两比较算法扩展为多基因列表间的比较。我们发现前列腺癌存活、恶性间皮瘤复发和神经胶质瘤存活所对应的3条有序基因列表之间显著相似。有临床意义的是，13个标志基因中的7个基因涉及细胞外的基质的调控和组装(COL4A1、COL11A1、COL1A2、COL5A2、FN1、BGN和PTGDS)；12个基因参与血管新生过程(以上7个基因和MDK、CPE、POSTN、IGFBP3、ANXA2)。该结果提示细胞外的基质蛋白的破坏是血管新生相关的癌症入侵和转移的重要因素。
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