环境应答蛋白研究的常用方法有:ELISA、Westernblot和dotblot.使用这些方法的先决条件是采用不同层析和基因工程制备高纯度的抗原和抗体.高通量、高灵敏度和规模化的双向凝胶电泳-质谱是目前最流行和较可靠的技术平台;酵母双杂交技术已被用于研究蛋白质连锁群和蛋白质功能网络系统,且分别发表于Nature与Science.生物信息学方法在蛋白质组学研究领域亦得到有效的利用,其中突出的代表是Eisenberg等联合采用系统发育分布图(phylogeneticprofiles)法、Rosettastone法和基因邻居法,成功地建立了酵母SIR(沉默信息调节子,silencinginformationregulator)作用网络和酵母朊病毒(prion)功能连锁网络.研究蛋白质空间结构的方法有X射线衍射和核磁共振方法;研究蛋白质功能的方法有:蛋白质合成的抑制和激活剂、抗原和抗体的微注射、knockout或knockin、转基因动物等.总之,蛋白质的研究方法要远比基因研究复杂得多和更为重要,而且在劳动卫生与环境卫生学的研究中具有重要的理论意义和潜在的实用价值.