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目的：探寻2011年景德镇地区手足口EV71重症病例临床症状差异性形成的生物学基础。方法：采集2例临床症状不同的手足口病重症患者咽拭子标本，进行病毒分离和逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)，并将其与GeneBank已上传的其他EV71病毒株的VP1区进行相关生物信息学分析。结果：两例临床症状不同的重症病例都由EV71病毒引起，他们都同属于C4a亚型，通过氨基酸序列比对发现它们在四个氨基酸的位点上存在变异引起不同临床症状，其中在19位丙氨酸分别由缬氨酸和半胱氨酸取代；38位点上精氨酸由谷氨酰胺取代；106位点上酪氨酸由苯丙氨酸取代；293位点上丙氨酸由丝氨酸取代。结论：EV71病毒是引起手足口重症病例的主要病原，临床症状的差异性主要体现在有无神经系统症状，通过基因分析发现以上位点氨基酸的突变可能成为临床症状差异性形成的生物学基础。