探讨我国生态文明建设战略背景下农民生态治理参与意愿的影响机制，有助于避免生态恢复及补偿政策中的偏差和提升政策的执行效率与微观主体的支持。本文以陕西省渭河流域水资源为例，结合农户微观调查数据和结构方程模型，探讨了生态价值认知，包括对生态系统非市场性产品与服务价值的认知，对农户生态治理参与意愿的影响。研究发现：无论是农户市场价值认知还是农户非市场价值认知都对农户流域生态治理参与意愿起到了显著的促进作用；农户市场价值认知对生态治理参与意愿的影响大于其非市场价值的认知；农民年龄、性别、非农劳动力占比、受教育程度等农户个人、家庭特征变量对其生态治理参与意愿有不同程度的影响。基于以上研究结论，提出了加大宣传力度，提高农民生态价值认知程度、建立以公众参与意愿为基础的流域生态补偿机制、流域生态治理模式需向“自主治理”和“多中心治理”转变等政策建议。