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以基因芯片、新一代测序技术和蛋白质组学等为代表的组学技术正革新着生物学的研究方法,使生物医学研究正在从单个基因的功能研究转向系统生物学研究.这种转变依赖于生物信息学工具的广泛应用,如计算软件、数据库和服务器.我将介绍我们实验室开发的几个用于组学数据分析的生物信息学工具.ChIP-Array是一个基于ChIP-X (ChIP-seq或ChIP-chip)和基因表达数据,来推测转录因子为中心的调控网络的工具.它可以通过整合ChIP-X的转录因子结合位点数据和基因芯片的差异表达基因,来推测转录因子直接和间接的靶标基因.