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综合考虑农业生产过程，构建了农业投入-产出指标体系，为弱化不确定性因素的影响，运用灰色DEA模型对河南省18地市2008～2013年农业生产效率进行了测算分析。结果表明：剔除冲击扰动因素对农业生产效率的影响之后，对农业生产效率进行测度更为合理和精确；对于农业生产效率相对较低的地市，确定了影响农业生产效率的因素，提出了优化资源配置、提高农业生产效率的政策建议。