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为高等院校院系资源配置的合理性、资源利用的有效程度、导致经营无效的因素分析提供依据，分别采用DEA和SFA两种方法对国内某高校的21个学院的综合效率进行测度，在此基础上对两种方法测度出的学院效率值及其排序进行了相关性分析和一致性检验，结果表明两种方法测度出的学院的综合效率在数值上有显著的差异，但是在效率排序上具有很好的一致性，并且根据各个学院的经营效益做出评价。