利用RT-PCR方法首次全基因克隆了番鸭呼肠孤病毒S14株M1，M2和M3基因并进行序列分析，M1，M2和M3核苷酸长度分别为2283nt、2155nt和1996nt，它们编码的氨基酸长度为μA(732aa)、μB(676aa)和μNS(635aa)，其中S14M2基因比禽呼肠孤病毒缺失3个核苷酸。同时S14的M1和M2的5末端分别为5-ACUUUU和5-UCUUUU，与禽呼肠孤病毒的5末端5-GCUUUU不同，S14株M1，M2和M3的3末端序列UCAUC-3与多数鸭、禽和哺乳动物的3末端序列相同，S14株编码μA，μB和μNS基因序列分析表明：它们与禽呼肠孤病毒在核苷酸水平的同源性在72.9％～73.9％，67.1％～69.6％和69.4％～70.8％；推导的氨基酸水平同源性在85.3％～86.2％，75.0％～76.5％和78.4％～79.8％；根据番鸭和禽呼肠孤病毒M组基因的系统进化树分析表明：番鸭和禽呼肠孤病毒来自共同的祖先，但随着宿主的不同而演化为不同的分支。