分别采用芽孢杆菌属和C.histolyticum 的16s rRNA特异性探针，应用FISH技术研究了猪粪堆肥过程中芽孢杆菌属和C.histolyticum 细菌的时空分布特性。堆体三个高度层中总细菌，芽孢杆菌属和C.histolyticum细菌数目的时间分布特征是高温期样品中的要高于降温期样品中的，降温期样品中的要高于升温期样品中的，三个高度层中总细菌的数目在降温期达到了平衡。芽孢杆菌属空间分布特征是每个堆肥阶段中层样品中检测到的芽孢杆菌属细菌和其相对丰度都是最低的，但是最低的相对丰度值也达到了8％，和芽孢杆菌属相比，除了高温期的中层样品，在堆肥不同阶段的同一高度层样品中C.histolyticum 群的相对丰度更高。然而其空间分布特征不明显。在猪粪堆肥中芽孢杆菌属细菌和C.histolyticum 群的检测水平都到了106个/g(湿重)。这些结果都表明芽孢杆菌属和C.histolyticum群是猪粪堆肥中的优势菌，在这个复杂的环境体系中可能发挥很重要的作用。