药物的实验筛选通常包括活性、毒性、药代性质、药学性质四个方面,对应于实验筛选的四个方面,以理论方法寻找药物的分子筛选都可以广义地称为“虚拟筛选”。实际应用中狭义的“虚拟筛选”通常指对接方法对分子的理论筛选过程。本论文主要介绍最常用的对接计算和构效关系方法在实际应用中的体会。 （1）对接计算方法在虚拟筛选中的应用以肽脱甲酰基酶（PDF）为靶标,通过对靶标结构的合理性考察,选择多个结构为对接模板,采用3 种方法进行对接计算,考察了对接分数的排序方法。对设计的分子进行了理论筛选,选择适量分子进行合成,并实际测定了抗菌活性。通过对实际和理论结果进行比较发现：对接方法的成功之处在于：比较容易得到具有一定活性的分子。主要的不足之处：容易受对接模板结构的影响,结构局限,活性难以提高；分子较多时根据对接分数较难选择分子。 （2）构效关系方法在虚拟筛选中的应用以恶唑烷酮类分子为研究对象。收集了大量文献报道的结构和活性数据,以CoMFA 方法进行了三维定量构效关系的研究,得到了相关方程,并经交叉验证确认模型的可靠性。以上述模型预测了设计分子的活性,选择几类结构分子进行了合成,并进行抗菌活性的测定。 实验结果以构效关系方法再优化分子结构,并进行合成和活性测定。结果表明,构效关系方法的是较有效的提高近似结构活性的方法。不足之处：受训练集结构多样性和代表性的影响较大；模型数学验证的可靠性不能保证其适用性。