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低维新型纳米材料的生物效应已成为纳米医药领域的一个新的交叉学科前沿，广泛应用于高效抗菌、靶向药物输送和分子影像中。然而，低维纳米材料尤其是具有单层原子厚度的二维纳米材料与生物大分子(如蛋白、DNA和细胞膜)的相互作用机理探索远远滞后于实验研究。我们采用经典分子动力学模拟手段，选择在生物医学领域具有潜在应用前景的二维纳米材料，包括二硫化钼、石墨烯和氮化石墨烯等，研究其与生物大分子的相互作用过程，和生物分子在二维纳米材料表面吸附后的结构和功能的变化。通过分析生物分子的关键吸附位点和界面水的特征，阐明二维纳米材料的表面对于其生物毒性或相容性的决定性机制。