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生物体内蛋白质自组装形成的聚集体——淀粉样物质Amyloid同很多疾病有着极大关联[1][2]。对于Amyloid自组织过程的研究无论是实验还是理论都有很多[3][4][5]，然而其真正的成核机理仍未为人所知。在这篇文章中，我们使用分子动力学模拟结合ITS增强抽样方法[6][7]对于六肽分子GGVVIA的自组装过程进行了研究，观察到了反平行左手螺旋聚集态结构。我们通过计算二聚体形成过程的自由能面，制定了"聚集态"和"分散态"的判断依据，并结合转移路径理论等方法错误！未找到引用源。错误！未找到引用源。计算出了不同聚集态相互转变的动力学信息。进一步通过结合图论错误！未找到引用源。错误！未找到引用源。的方法，我们找到了成核的主要路径，并发现不同溶液中聚集态的成核机理是不同的。我们的研究在一定程度上揭示了amyloid自组装过程的机理，并为研究成核过程提供了一种新的方法。